Os relato mi experiencia por si le puede servir a otros compañeros:

Hace unos días me he presentado (previa citación ), en el negociado de expedientes, puesto que llevaba mas de dos años de baja laboral por enfermedad (no psicologica, hago este incapie por diferenciar de una enfermedad fisica).
La verdad es que esperaba tambien la perdida de destino, pero bueno; el caso es que me han abierto expediente de determinación de insuficiencia de condiciones psicofisicas regulado en el artículo 55 de la Ley 42/99 de personal, firmando el enterado de la apertura del referido expediente junto a la notificación de los designados como Instructor y Secretario del mismo los cuales pueden ser recusados, y también me notifican la fecha desde la que empieza a contar el plazo que es de seis meses para resolver y notificar el expediente, salvo que me notifiquen la suspension o ampliación del referido plazo.
Todas las dudas que tuve me las contestaron, incluso me manifestaron que la perdida de destino no se hace efectiva hasta que no resuelva la JMP (dato que me extraño pero despues de la modificacion de la Ley 42/99, por lo visto actuan de esa manera según me explicaron)

Asi mismo en el escrito se ordena que se adjunte al expediente si al encausado se le esta instruyendo o no expediente gubernativo o procedimiento judicial cuya resolución pudiera conllevar la perdida de la condicion de militar de carrera, y se le ordena al Servicio de Recursos Humanos que disponga lo conveniente para la aplicación de lo dispuesto en el artículo 97.2 de la Ley 42/99 sobre el cese en el destino.

Hasta la fecha y en mi caso es lo que ha ocurrido.

No obstante segun vayan aconteciendome las situaciones seguire colgando en este foro como vayan sucediendo por si a algún compañero le sirviese de ayuda.

Caso que no interese solo teneis que decirlo GRACIAS A TODOS.